São propensos a algumas anomalias genéticas, nomeadamente neurológicas, como convulsões. Também podem ser geneticamente propensos a luxações na rótula.
Uma área em que se tem de ter igualmente muito cuidado com o chihuaha é no que toca a infecções oculares, às quais são também bastante propensos.
Atenção à 'moleira', um buraquinho no crânio do chihuahua, que pode não fechar. Evitar quedas e pancadas é fundamental, dado que é um cão pequeno e com uma constituição frágil.
