Eu também nunca tinha ouvido falar nas vacinas contra alergias. Felizmente os meus cães não têm esse problema.
Esta área (alergias) é muito complexa. Em relação aos humanos os médicos nem sempre "acertam", é este o termo, na causa da alergia. É das tais áreas em que parece óbvio que a causa é esta ou aquela, mas afinal não é. E como em muitos casos é insondável, isso leva a muitas tentativas, a muitas experiências, em que muitas vezes é pior a emenda do que o soneto.
Para ilustrar, vou dar um exemplo. Antes dos meus cães virem cá para casa, a minha mulher era alérgica ao pêlo dos bichos. Era ponto assente. De tal modo que a hipótese de eles entrarem cá em casa foi muito ponderada e este foi um dos muitos motivos por que o meu primeiro cão veio à experiência (Pedra, lembra-se?...

).
Mas afinal a alergia não tinha nada a ver com os bichos e hoje a minha mulher passa a vida agarrada a eles. Uma promiscuidade, enfim...
No que respeita aos cães, julgo que a dificuldade de detectar a causa das alergias não difere muito da que se verifica nos humanos. Para estes, como se sabe, já há médicos especialistas. Mas na medicina veterinária, reduzida ao regime de clínica geral, haverá certamente mais dificuldades de detectar as causas.
Sinceramente, se por azar tivesse que passar por este problema, não sei como o resolveria. Apoiar-me-ia certamente no conselho do veterinário. E se ele optasse pelas vacinas... pois que remédio?... Às tantas lá teriam os bichos que as gramar...