por acaso o Pastor Alemão não é das raças mais próximas do lobo. foi seleccionado através de cães pastores de várias regiões da Alemanha, alguns até de pequeno tamanho. morfológicamente tornou-se um cão parecido com o lobo, pois era o que se pretendia. basta pensar-mos um bocadinho. O Lobo caça rebanho, o cão pastor guarda rebanho. Se fosse uma raça assim, vá lá, 'primitiva' e muito próxima do lobo, não seria capaz de guardar um rebanho, pois contrariaria o seu instinto. ora ponham lá um malamute a cuidar de animaizinhos de quinta.
quis-se assim um cão de corpo equilibrado e forte, capaz de fazer frente a um lobo, caso fosse preciso. existe sim a hipotese de terem sido cruzados com lobos, mas não está documentada. hoje crê-se que tenham sido cruzados com cães nórdicos para criar um cão mais corpulento.
a apartir de 1899, a raça sofreu inbreedings sucesssivos, principalmente a partir de um exemplar muito específico, Horand von Grafrath, o primeiro PA a ser registado, e a partir daí a raça ganhou um grande número de indivíduos, agora registados num livro de origens e já a estabelecer um padrão. o impulsionador deste cruzamentos é hoje considerado ''o pai da raça PA'', o capitão de cavalaria von Stephanitz.
o cão Horand era um lobeiro

e foi adquirido por von Stephanitz aos 3 anos de idade. consta que assim que o viu ficou fascinado com o equilibrio do cão, tanto morfológico como temperamental e teve de o comprar. era aquilo que ele queria para a 'sua' raça.
mas rapidamente o pastor alemão se tornou um cão de exposição. corpos menos compactos, etc. é um cão versátil, mas já é usado para quase tudo menos pastoreio (pelo menos é a ideia que tenho) por isso me custa pensar ver um PA enfrentar um Lobo e ter sucesso...
Quanto à cor, decidi pesquisar aqui pelos meus tarecos, e encontrei a velhinha enciclopédia do PA, na altura que a raça era soberana cá em casa. nunca me deu para a ler com atenção porque me dá preguiça ler em espanhol

mas fiz um esforço, até porque eu gosto de aprender, e confirmei a minha dúvida.
A cor lobeiro resulta de um conjunto de alelos ( genes) recessivos e, como tal, só aparece quando esses alelos se apresentam em homozigonia. a mesma coisa para a pelagem preta completa. Por isso para aparecerem exemplares lobeiros, estes eram cruzados com exemplares pretos, pois com exemplares afogueados, as probabilidades de sairem lobeiros eram muito poucas.
segundo o meu livro, existem os seguintes alelos(maiúsculas dominantes, minusculas recessivas):
ay-diminui o pigmento escuro com mantos de creme ou marron;
aw-gene para lobeiro, onde o subpelo é amarelo ou marron;
at-manto negro do dorso mais ou menos extendido;
a-negro completo;
B-produz pigmentos negros;
C-produz muita pigmentação;
Cch-reduz a pigmentação;
D- pigmentação intensa;
E-extensão do pigmento escuro em todo o corpo;
Em- coloração negra na máscara;
g-ausência de cinza (lobeiro);
m-pigmentação uniforme;
S-manto homogénio sem branco
si-algum branco;
t-não manchado mas com áreas brancas límpidas;
aqui vou apresentar um exemplo de cruzas em monohibridismo entre cães puros lobeiros e puros pretos:
bem a minha resposta ainda não está 100% completa, mas tenho de sair. depois continuo o tópico.