Não sei bem como se vê se elas estão grávidas, mas sim, lá para o final da gravidez tem de se separara o macho da fêmea porque assim que ela tem os filhotes fica com o cio e pode engravidar outra vez. Isso seria demasiado para ela, estar a dar de mamar e já grávida outra vez.
Quanto à alimentação, sim há outros cuidados que tens de ter. Há uns tópicos bastante recentes neste fórum que falam disso, pensei que já tinhas lido tudo. Dá uma espreitadela e se depois ainda tiveres dúvidas coloca-as:
http://arcadenoe.clix.pt/forum/viewtopic.php?t=17890
Jinhos, Joana