Não percebi... a gatinha já era sua ou você apenas a acolheu quando ela caiu?
Se não era sua, é normal o seu gato agir dessa forma porque sente o cheiro de um animal estranho em casa.
Seja como for, a prioridade neste momento é a recuperação da gatinha. Feche-a numa divisão com comida e areia. Era óptimo se conseguisse barrar o acesso à porta dessa divisão por parte do gato.. mas se isso não for possível, coloque a comida e a areia da gatinha longe da porta (para não se sentir ameaçada e poder comer à vontade).
Desejo melhoras rápidas para a sua gatita
