Bom dia, Ricardo
A ideia do escovilhao eh boa. Pode mudar a agua de dois em dois dias para manter a qualidade, ainda mais se diz qus os seus bebedouros sao grandes.
Fez muito bem em separar os dois.

Os machos realmente tem uma glandula e por vezes marcam territorio arrastando o rabo no chao que deixa um pequeno rasto e um ligeiro odor. Essa glandula por vezes deve ser limpa.
Sobre o comportamento de machos com femeas apenas lhe sei dizer alguma teoria porque sempre tive pares do mesmo sexo. Primeiro 2 machos e hoje em dia 3 femeas.
Apenas sei que 2 machos juntos com femeas por perto nao se vao dar bem. Na epoca do cio os macho fazem uma "danca" para assediarem a femea (mesmo entre femeas isto acontece). Este comportamento tambem eh semelhante em questoes territoriais, mas eh acompanhado com um empinar do nariz (o nariz mais alto ganha, lol)
Se calhar uma boa solucao seria castrar o macho e assim ja os podia manter juntos.
E eh verdade, ha sempre uns mais limpos que outros

mas nao tem necessariamente a ver com raca. Ha porquinhos que fazem xixi nos cantos da gaiola, outros eh por todo lado... pode ser o caso do macho e nao ter necessariamente a ver com a femea.
Ja agora, vai haver uma exposicao de porquinhos este sabado, na povoa de santa iria e em novembro em santarem. Se tiver disponibilidade, visite uma vez que vai encontrar pessoas que o podem ajudar em algumas questoes
Que idade tem os seus porquinhos, sabe?
Deixo-lhe um link muito util e completo sobre porquinhos:
http://www.guinealynx.info/
Cumprimentos,